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软件自带的分析工具虽然已经挺全面的了，但是不能调颜色，所以推荐用python版的MCscan (JCVI 包)。 这里只简单介绍一个工具。 利用 dual_synteny_plotter 绘制双重共线性图。 首先需要修改 dual_synteny 文件。 十分简单，打开原本的示例文件就一目了然。 修改玩配置文件后直接运行以下命令。 blastp构建 blastp 数据库，括号中根据需要输出 log 和定制标题。 a 和 b 分别表示两段序列。 如果有现成的蛋白质序列文件，可以直接进行建库。 如果是没有，需要自己根据注释文件利用 gffread 翻译得到蛋白质序列。 MCScanX 有两个主要的功能, 一是, 方便使用者发现共线性 (collinearity)和同线性 (synteny)关系并且可以从共线性区块中看到清晰多重比对; 二是, 通过其中众多的辅助脚本, 更形象的分析同线性和共线性的数据 MCScanX 是一个用于检测基因组间同线性和共线性关系的工具包。 它实现了改进的 MCScan 算法，能够识别同线性区块，并提供多种可视化和分析工具。
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MCScanX是检测基因共线性和进化分析的常用工具之一，2012发表至今引用数200+，作者之一的唐海宝老师是国内植物基因组学生信分析、软件开发领域的大拿，在学习使用MCSc. 2. MCScanx分析 基因gff对应的列分别是： 染色体 编号 基因ID 基因起始 基因终止 在基因家族分析中，有时候我们会想要知道我们所关注的基因家族在不同物种基因组间的同源性情况，或者只是简单的想要了解物种间染色体的进化关系，这时候就需要进行物种间全基因组的共线性分析，然后根据共线性分析结果进行可视化。
使用MCScanX得到 .collinearity共线性结果文件，并且按照其要求处理得到特定的 .gff注释文件，这里均以os_sb测试 二、可视化结果
共线性分析可以很好地解释进化关系和多倍化事件。 今天主要测试的是Python版McScan（jcvi工具包），这个包很强大，是从MCScanx升级而来的基因组共线性分析软件。 油菜（Brassica napus）、白菜（Brassicarapa）、甘蓝（Brassica oleracea）以及拟南芥（Arabidopsis thaliana）的cds文件，蛋白pep文件和gff3文件，数据均来源于Ensembl网站 (https://plants.ensembl.org/index.html)_jcvi.
